농림수산식품부가 주관하는 2009년 농림기술개발과제 공모에 (재)남해마늘연구소와 경상대학교 의과대학, 새남해농협이 컨소시엄을 구성해 신청한 수출 전략형 신수요 창출을 위한 홍마늘 및 바이오 식품개발 연구과제가 최종 선정돼 9억원의 연구비를 지원 받는다.
농림수산식품부의 농식품산업 육성과 농업의 체질강화를 위한 기반기술 개발 및 산업화등의 실용화 기술개발 연구과제 공모에서 홍마늘 및 바이오 식품개발 연구과제가 선정된 것은 남해마늘연구소가 지난 2월 본격 출범한 이후 짧은 기간에 연구원, 공무원이함께 이룬 쾌거다.
 이번에 선정된 정부출연 연구개발비는 3년간 6억 7500만원, 새남해농협이 현금과 현물을 합해 연간 7500만원씩 3년간 2억2500만원을 출연해 총 9억원의 연구지원이 이루어지게 되어 남해마늘산업의 연구의 획기적인 전기가 마련되었다는 평가다.
남해마늘 연구소는 기존 생마늘이나 흑마늘과는 완전히 차별화 된 홍마늘을 개발하고 그 기능성을 규명하는 것을 1차 목표로 하고 있다.
군은 생마늘의 매운 맛과 거북한 냄새를 없애고 흑마늘의 단점인 신맛은 완화시키되 갈변물질을 적당량 생성시켜 기능성은 향상시키는 새로운 마늘 가공품으로 홍마늘이 가공마늘 시장에 새로운 활력을 제공할 것으로 예상했다.
나아가 '홍마늘을 이용한 가공품을 개발함에 있어 경상대학교 의과대학과 연계해 홍마늘의 항비만 활성을 연구하고 그 메커니즘을 규명함으로써 항비만 효능을 과학적으로 입증된 바이오식품을 개발할 계획이다.
이러한 연구결과는 새남해농협에 기술이전 한 후 상품화하여 국내시장과 해외 수출시장을 개척함으로써 남해마늘의 이미지 제고, 마늘 차별화를 통한 대내외 경쟁력을 확보한다는 전략이다.