가축분뇨법이 시행됨에 따라 정부가 축산인들에게 허용한 1단계 무허가축사(대규모축사) 적법화 시한이 3월 24일로 이제 겨우 40여일을 남겨두고 있다. 하지만 군내 1단계 적법화 대상 축산인들의 자진 이행률이 50%를 밑도는 수준인 것으로 나타나 이대로 시한이 경과하면 이후 행정처분(사용중지, 과징금, 폐쇄 등의 조치)이나 형사처벌 대상이 되는 축산인들이 속출할 것이라는 걱정거리가 대두되고 있다. 
군 농축산과 담당자에 따르면 전국평균 이행률 뿐만 아니라 남해군의 이행률도 비슷한 수준이라고 한다. 군 농축산과가 파악한 자료에 따르면 축산업등록 805농가 중 1단계 적법화 대상은 138농가(입지제한 대상 52농가 포함)인데 1월 현재 적법화 절차를 완료한 농가는 10농가, 서류 접수중인 농가가 82농가, 상담중인 농가가 46농가인 것으로 나타나 이 같은 걱정이 현실화 될 가능성이 매우 높아 보인다.
이런 현실 때문에 축산인들 사이에는 1년 정도는 시간을 더 달라고 요구하는 목소리가 조만간 터져 나올 것으로 예측된다.
무허가축사란 가축사육시설, 가축분뇨시설 등이 건축법, 가축분뇨법 등에 따른 신고(변경신고포함)나 허가, 준공절차를 지키지 않고 지어진 불법건축물을 말한다. 무허가축사의 적법화는 규모별로 3단계로 나뉘는데 오는 3월 24일까지 완료해야 하는 1단계 대상은 소·젖소·말 300㎡ 이상, 돼지 300㎡ 이상, 닭과 오리는 500㎡ 이상, 양, 사슴, 개는 100㎡ 이상이다. 그 미만의 규모는 2단계(내년 3월 24일까지), 3단계(2024년 3월 24일까지) 적용된다. 
그러나 무허가축사 적법화시 축사거리제한 완화규정은 규모별 단계적 적법화 시한과 관계없이 오는 3월 24일까지만 적용(소규모분뇨배출시설은 2019년 3월 24일)된다. 즉, 오는 3월 25일부터는 가축사육제한지역에서는 모든 가축의 사육을 제한하며 무허가축사에 대해서는 행정처분이나 형사처벌이 따르게 된다. 현재 남해군가축사육제한지역에 대한 조례는 지난회기 의회 정례회에 상정됐으나 보류된 상태에 있다. 
무허가축사의 적법화는 2013년 2울 20일 이전부터 가축을 사육하고 있는 건물에 한하고 무조건 양성화가 이루어지는 것이 아니라 관련법에 따른 조건에 맞아야 한다. 예를 들면 건폐율 60% 초과는 불가하고, 타인의 토지를 불법점용하고 있거나 가축분뇨배출시설의 적정여부 등을 판단하여 이루어진다. 
적법화를 하려면 먼저 도시건축과 건축민원팀(860-3091)에 적법화 가능여부를 판단받아야 하며, 지적측량(국토정보공사 864-3007) 성과도를 발급받아 군에 자진신고해야 한다. 군이 건축시기에 따라 고발 및 이행강제금을 부과하면 이를 납부한 뒤 허가 또는 신고절차를 밟아 건축물대장에 축사로 등재시키고, 농축산과(860-3918)에 축산업허가(등록) 변경신고를 해야 완료된다. 
이에 따르는 축산인들의 부담을 다소 덜어주기 위해 정부는 불법건축물에 따른 강제이행금(과태료)를 60%까지 감면해주고, 설계비를 최고 100만원까지 보조해주는 인센티브를 제공하고 있다.